エンボス加工と活版印刷を一緒に使えますか

エンボス加工と活版印刷を、両方使うことはできますか？

はい。使えます。
加工の順番は、活版印刷を先に行い、そのあとに浮出し加工（エンボス加工）をします。

ただし、先に活版印刷でつけた凹みは、エンボス加工の圧で押し戻されてフラットに戻ります。
同じ箇所で、印刷の凹みとエンボスの凸を両立させることはできません。

用紙にも相反する条件があります。
エンボス加工をくっきり出すには薄い紙が適しています。
活版印刷で深い凹みを出すには厚い紙が適しています。

どちらを優先されるかで用紙をお選びください。